Федеральное государственное бюджетное учреждение «Администрация морских портов Западной Арктики» создано 12 декабря 2014 года во исполнение приказа Министерства Транспорта Российской Федерации от 27 июня 2014 года №170 «О реорганизации Федерального государственного учреждения “Администрация морского порта Мурманск” в форме присоединения к нему Федерального государственного учреждения “Администрация морского порта Архангельск”».
Функции администрации морских портов определены в Положении об администрации морских портов, утвержденном приказом Минтранса России 29 января 2014 г. №24.
Администрация морских портов Западной Арктики является федеральным государственным бюджетным учреждением осуществляющим административно-властные полномочия в сфере государственного управления морскими портами, предусмотренные федеральными законами и иными нормативными правовыми актами, а также функции по оказанию государственных услуг в сфере морского транспорта. Находится в ведении Федерального агентства морского и речного транспорта.